Системата за управление на ЦТТИС се основава на
- добри практики, установени в работата на съществувалите структури Център за трансфер на технологии и Център за интелектуална собственост, както и
- международни стандарти за управление на научно-изследователската дейност и иновациите.
Системата за управление на иновациите е изградена на спазването на следните 8 принципа:
- Реализиране на стойност
- Лидерство, насочено към бъдещето
- Стратегическа насоченост
- Иновационна култура
- Възползване от прозорливостта
- Управление на неопределеността
- Способност за адаптиране
- Системен подход
